Университетте бир нече деңгээлдүү билим берүү системасы жүргүзүлөт. ЖОЖго чейинки даярдоо (мектеп); жогорку билимдүү адисти даярдоо(жож); жогорку окуу жайынан кийинки жана кошумча кесиптик билим берүү - ординатура, аспирантура, докторантура, квалификациясын жогорулатуу, кесиптик даярдоо жана стажировкага даярдоо; Университетте алдыңкы инновациялык жабдуулар менен жабдылган: физиология; патфизиология; микробиология; гистология жана патанатомия; химия, физиканын алдыңкы инновациялык жабдуулар менен жабдылган он беш окуу-эксперименттик лаборатория иштейт. Илимий жана эксперименталдык иштерди жүргүзүү үчүн коендор,деңиз чочко, ак чычкан жана бакалар багылган виварий бар. Эл Аралык Медициналык Университети Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин бардык талаптарына жооп берет.